« La Messe de l’athée » a de multiples enjeux : enjeu philosophique, puisque le récit aborde la grande question de l’énergie vitale sous l’aspect de l’opposition entre le talent et le génie ; enjeu social, très parisien, puisqu’il est en prise directe avec l’actualité scientifique contemporaine et le quotidien de l’étudiant pauvre ; enjeu privé enfin, et en cela spécifiquement littéraire et balzacien, puisqu’il repose sur un secret qui sera dévoilé par une mise en scène de la parole.